Satuan Perangkat Kerja Daerah di Lingkungan Pemerintah Kabupaten Sorong Selatan, yang terdiri atas:
a. Sekretariat Daerah (Perda No. 05/2008)
Sekretariat Daerah Kabupaten terdiri dari 3 Asisten dan 10 Bagian yaitu :
I. Asisten Pemerintahan (Asisten I), terdiri atas:
a. Bagian Tata Pemerintahan
b. Bagian Hukum
c. Bagian Pemerintahan Kampung dan
II. Asisten Perekonomian dan Pembangunan (Asisten II), terdiri atas:
a. Bagian Administrasi Pembangunan
b. Bagian Perekonomian
c. Bagian Kesejahteraan Rakyat
III. Asisten Administrasi Umum (Asisten III), terdiri atas:
a. Bagian Organisasi
b. Bagian Hubungan Masyarakat
c. Bagian Umum